Музей истории Риги и мореходства является одним из самых больших в Латвии хранилищ культурно-исторического наследия. В фондах музея находится более 500 000 предметов, систематизированных примерно в 80 коллекций. Они отражают политическое и экономическое развитие Риги, ее культуру и быт от становления города до наших дней, а также историю мореходства Латвии. Предметы, включенные в фонды музея, по своему происхождению относятся не только к Риге и Латвии, но и охватывают широкий географический ареал.

Уже с начала существования музея главным источником пополнения фондов были дарения и закупки, а с 1938 года также древности, полученные во время проведения музеем археологических раскопок  и работ по археологическому надзору на территории Вецриги (Старой Риги).

Фондовые коллекции хранятся в отделах археологии, нумизматики и драгоценных металлов, фондов и истории  мореходства Латвии.