Rīgas vēstures un kuģniecības muzejs izveidojies par vienu no lielākajām kultūrvēsturiskā mantojuma krātuvēm Latvijā. Muzeja krājumā ir vairāk nekā 500 000 priekšmetu, kas sistematizēti aptuveni 80 kolekcijās. Tie atspoguļo Rīgas politisko un ekonomisko attīstību, kultūru un sadzīvi no pilsētas rašanās līdz pat mūsdienām, kā arī Latvijas kuģniecības vēsturi. Muzeja krājumā ietvertie priekšmeti pēc to izcelsmes attiecas ne tikai uz Rīgu un Latviju, bet aptver plašu ģeogrāfisko areālu.

 Jau no muzeja pastāvēšanas pirmsākumiem galvenais krājuma papildināšanas avots ir dāvinājumi un pirkumi, bet no 1938. gada – arī muzeja veiktie arheoloģiskie izrakumi un arheoloģiskie uzraudzības darbi Vecrīgas teritorijā.

Krājuma kolekcijas glabā Arheoloģijas, Numismātikas un dārgmetālu, Krājuma un Latvijas kuģniecības vēstures nodaļa.