Музей истории Риги и мореходства является не только старейшим публичным музеем в Латвии и Прибалтике, но и одним из старейших в Европе. Музей находится в Вецриге (Старой Риге), в ансамбле Рижского Домского собора, выдающемся памятнике архитектуры XIII–XX вв.

Становление музея относится к XVIII в.  В основе его богатых и разнообразных фондов лежит коллекция естественно-научных, художественных и исторических предметов рижского врача Николауса фон Химзеля (1729–1764). После смерти врача его мать, Катрина фон Химзель, выполняя завещание сына, передала коллекцию в дар Риге. 22 февраля 1773 года Рижский магистрат постановил создать музей, назвав его именем Химзеля. Музей был размещен в помещении так называемого Анатомического театра на ул. Калею, 34/36 (здание не сохранилось). В 1791 году музей был переведен в восточное крыло Домского ансамбля, специально перестроенное для нужд городской библиотеки и музея. Об этом свидетельствует изображение астролябии и надпись «MUZEUM» на фронтоне этого здания. В 1816 году в музее был открыт особый Кабинет искусств, а в 1881 году, при объединении нумизматических коллекций города и музея Химзеля, создан Монетный кабинет.
 
История музея тесно связана с деятельностью Общества изучения  истории и древностей Прибалтийских провинций России (основан в 1834 году), Рижского общества исследователей природы (1845), Литературно-практического союза граждан (1802) и Рижского общества практикующих врачей Риги (1822). Коллекции этих обществ были выставлены в 1858 году в созданном так называемом Рижском музее на ул. Шкюню, 11. В 60-е годы XIX в. Рижскому музею была депонирована естественно-научная и археологическая коллекция Музея Химзеля, а часть коллекций перешла во вновь созданную Городскую картинную галерею.

В 1890 году названные научные общества переселились со своими коллекциями в Домский ансамбль, где для нужд музея было специально построено здание по ул. Паласта, 4, поэтому музей получил название Домского – по месту своего нахождения. Его попечителем стало Общество изучения истории и древностей Прибалтийских провинций России. В Домском музее были размещены коллекции Музея Химзеля,  там находился Монетный кабинет и различные ценности, принадлежавшие Риге.

В 1932 году Домский музей со всеми имеющимися коллекциями был включен в список охраняемых объектов Управления памятниками Латвийской Республики, но в 1936 году был закрыт. Одновременно Рижское городское управление на основе принадлежавших ему депонированных материалов (в том числе предметов Музея Химзеля) создало Рижский городской исторический музей. Этому музею Управление памятниками ЛР передало связанные с историей Риги культурно-исторические материалы и коллекции нумизматики бывшего Домского музея. Деятельности и  развитию музея помешала вторая мировая война, а также последовавшая за ней советская оккупация. И выселение балтийских немцев, и вывоз коллекций в оккупированные немцами страны, а позже и акции уничтожения неприемлемых для советской власти исторических предметов способствовали утере части музейных фондов. В этот период музей неоднократно менял свое название, а с  1964 года это  Музей истории Риги и мореходства, в котором отражается его новое направление в работе.

В 1940 году советский оккупационный режим подверг музей национализации и с того времени он находится под надзором государства.

Сегодня в фондах музея хранится более чем 500 000 предметов, систематизированных примерно в 80 коллекций.
 
Музей имеет три филиала: в Риге – Дом Менцендорфа. Дом-музей рижан XVI–XVIII вв. (1992) и Музей фотографии Латвии (1993); в Айнажи – Айнажская мореходная школа (открыта в 1969 году).