Das Rigaer Museum für Stadtgeschichte und Schifffahrt ist das älteste öffentliche Museum Lettlands und des Baltikums sowie eines der ältesten in Europa. Das Museum befindet sich in der Altstadt von Riga in einem bedeutenden Baudenkmal, dem Rigaer Domkomplex.

Der Ursprung des Museums ist im 18. Jh. zu suchen. Dem reichen und vielfältigen Museumsschatz liegt die Sammlung der naturwissenschaftlichen und künstlerischen Gegenstände des Rigaer Arztes Nikolaus von Himsel (1729–1764) zugrunde. Nach dem Tod des Arztes vermachte seine Mutter Katharina von Himsel seinem letzten Willen entsprechend die Sammlung der Stadt Riga. Am 22. Februar 1773 gründete der Rat der Stadt Riga ein Museum, dem man den Namen von Himsel gab. Das Museum wurde im Anatomikum in der Schmiedestraße 34 /36 (Kalēju iela –  das Haus ist nicht erhalten) untergebracht. Im Jahre 1791 wurde das Museum in den Ostflügel des Domkomplexes verlagert, der für die Stadtbibliothek und das Museum eigens umgebaut wurde. Davon zeugen das Astrolabium und die Aufschrift „Museum“ am Hausgiebel. Im Jahre 1816 eröffnete das Museum ein besonderes Kunstkabinett. Nach der Vereinigung des Himselmuseums mit der numismatischen Sammlung der Stadt wurde 1881 das Münzkabinett eingerichtet.

Die Geschichte des Museums ist eng mit den Aktivitäten der Gesellschaft für Geschichte und Altertumskunde der russischen Ostseeprovinzen (gegründet 1834), des Naturforschervereins der Stadt Riga (1845), der Literarisch praktischen Bürgerverbindung (1802) und der Gesellschaft der praktischen Ärzte von Riga (1822) verbunden. Die Sammlungen dieser Vereine wurden im Jahre 1858 in dem sog. Rigischen Museum in der Scheunenstraße 1 (Šķūņu iela) ausgestellt. In den 60er Jahren des 19. Jh. wurde dem Rigischen Museum auch die naturwissenschaftliche und archäologische Sammlung überlassen sowie ein Teil der Sammlung der neu gegründeten Gemäldegalerie der Stadt.

Im Jahre 1890 zogen die wissenschaftlichen Vereine mit ihren Sammlungen in das Gebäude in Palasta iela 4 um, das im Domkomplex eigens für das Museum errichtet worden war. Das Museum hat seinen Namen – Dommuseum – nach seiner Ortslage erhalten. Es wurde von der Gesellschaft für Geschichte und Altertumskunde der russischen Ostseeprovinzen verwaltet. Im Dommuseum wurden auch Himsels Sammlungen untergebracht. Dort befanden sich das Münzkabinett und andere der Stadt Riga gehörende Schätze.

Im Jahre 1932 wurde das Dommuseum mit allen sich darin befindlichen Sammlungen unter Denkmalschutz gestellt, doch im Jahre 1936 wurde dieses Museum geschlossen. Gleichzeitig gründete die Stadtverwaltung von Riga auf der Basis der dem Dommuseum ausgeliehenen Materialien (incl. Gegenstände des Himselmuseums) das Historische Museum der Stadt Riga, das mit seinen kulturhistorischen Materialien und der numismatischen Sammlung des ehemaligen Dommuseums ebenfalls unter Denkmalschutz gestellt wurde. Die weitere Entwicklung des Museums wurde vom Zweiten Weltkrieg und der folgenden sowjetischen Okkupation beeinflusst. Das Museum verlor einen Teil der Museumssammlung bereits während der Umsiedlung der Deutschbalten. Während der Besetzung durch die deutsche Armee wurde ein Teil der Sammlung ausgelagert. Gleiches galt auch später während der sowjetischen Besetzung, als aus der Museumssammlung für die Sowjetmacht unerwünschte Gegenstände entfernt wurden. In dieser Zeit wechselte das Museum mehrmals den Namen. Im Jahre 1964 bekam es den jetzigen Namen, nämlich Rigaer Museum für Stadtgeschichte  und Schifffahrt, in dem sich die neue Arbeitsrichtung widerspiegelt.

Im Jahre 1940 wurde das Museum von der Sowjetmacht nationalisiert und befindet sich seitdem unter staatlicher Aufsicht. Im Jahre 2005 wurde das Museum in eine staatliche Agentur reorganisiert.
 
Die Museumssammlung umfasst heute über 500.000 Gegenstände, die in etwa 80 einzelne Sammlungen systematisiert sind.

Das Museum hat 3 Filialen: Das Museum der Seefahrtsschule in Ainaži  (eröffnet 1969), in Riga: das Haus Mentzendorff. Haus-Museum der Rigaer des 17.–18. Jh.  (1992) und das  Fotomuseum Lettlands (1993).